rMATS 4.0版本在Ubuntu 16.04的安装及使用指南
rMATS是一个常用的RNA测序分析工具，对于基因表达调控研究有着重要作用。然而，在Ubuntu 16.04系统上安装rMATS 4.0版本会遇到一些依赖性问题，本文将详细介绍如何解决这些问题并成功安装并运行rMATS。
下载rMATS 4.0.1
首先，我们需要从官方网站下载rMATS v4.0.1的安装包。下载地址为：[]()。下载完成后，解压安装包以准备后续操作。
安装依赖文件
根据官方说明，我们需要安装以下依赖文件：numpy、libblas-dev、liblapack-dev、gfortran和libgsl0ldbl。在Ubuntu 16.04系统上，libgsl0ldbl已经被libgsl2替代，因此我们首先需要安装libgsl2：
```bash
sudo apt-get install libgsl-dev
```
接下来，找到libgsl2的安装路径：
```bash
dpkg -L libgsl2
```
然后，找到文件``的路径，并将其复制或链接到`/usr/lib`目录下：
```bash
sudo cp /usr/lib/x86_
```
最后，更新系统动态库：
```bash
sudo ldconfig
```
如果更新正常，命令行会无任何输出。
运行脚本
根据官方说明，可以通过两种方式运行脚本：一种是针对fastq文件的运行，另一种是针对bam文件的运行。以下是两种情况下的运行示例：
- 对于fastq文件：
```bash
python --s1 s1.txt --s2 s2.txt --gtf gtfFile --bi STARindexFolder -od outDir -t readType -readLength readLength [options]
```
- 对于bam文件：
```bash
python --b1 b1.txt --b2 b2.txt --gtf gtfFile --od outDir -t readType --nthread nthread --readLength readLength --tstat tstat [options]
```
运行以上命令后，您可以查看您的运行结果，如果没有报错并且生成了结果文件，则表示rMATS已经成功运行。
通过以上步骤，您可以在Ubuntu 16.04系统上顺利安装并运行rMATS 4.0版本，为您的基因表达调控研究提供支持。祝您研究顺利！
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