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如何将LNCipedia导入UCSC基因组浏览器的Track

浏览量:3073 时间:2024-01-30 23:57:52 作者:采采

UCSC Genome Browser是一个非常强大的基因组分析工具,它收集并注释了包括人类在内的基因组中coding gene、lncRNA、miRNA等的位置结构和功能信息。然而,对于其中一种类型的基因(比如lncRNA),其收集的完整性仍然有限。LNCipedia是一个已经注释的人类lncRNA转录本序列和结构数据库,将LNCipedia导入UCSC Genome Browser的Track可以大大增加其完备性。

导入LNCipedia Track至UCSC Genome Browser的步骤

以下是将LNCipedia导入UCSC Genome Browser的具体步骤:

1. 打开UCSC Genome Browser页面

首先,打开UCSC Genome Browser的默认页面。

2. 确认Track列表

注意到此时Tracks列表中的第一行是"Mapping and Sequencing",还没有"LNCipedia"。

3. 获取LNCipedia的UCSC trackhub

前往LNCipedia官网()获取LNCipedia的UCSC trackhub链接()。该链接是一个文本文件(.txt)。

4. 进入Track Data Hubs界面

返回UCSC Genome Browser页面,点击页面上的"track hubs"按钮。

5. 添加LNCipedia Trackhub

跳转至Track Data Hubs界面后,在"My Hubs"中输入LNCipedia的UCSC trackhub链接(),然后点击"Add Hub"按钮。

6. 选择参考基因组版本

在弹出的界面中,选择适用于你研究的参考基因组版本(hg19或hg38)。在这里选择hg38。

7. 显示LNCipedia Track

此时,UCSC Genome Browser页面的Tracks列表中的第一行变成了"LNCipedia"。同时,浏览器窗口中也会出现相应的LNCipedia 4.0和LNCipedia 4.0 - High Confidence Set的内容。

通过以上步骤,你已成功将LNCipedia导入UCSC Genome Browser的Track,使得你可以在浏览器中查看和分析LNCipedia的相关信息,增加了基因组分析的完备性。

总结:本文介绍了如何将LNCipedia导入UCSC基因组浏览器的Track,以增加对lncRNA基因组的完备性。通过添加LNCipedia的UCSC trackhub,用户可以方便地在UCSC Genome Browser中浏览和分析LNCipedia数据库中的lncRNA转录本序列和结构信息。

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