rna-seq技术是几代测序 edger包使用教程？
edger包使用教程？
edger包是进行RNA-seq数据分析的很具体方法的一个R包。
edger包要键入每个基因跪求每个样本的reads数的数据，4行填写一个基因，每一列按一个样本。
安装edger包先启动时R，接着运行下面代码：
if(!requireNamespace(#34BiocManager#34,quietly TRUE))
(#34BiocManager#34)
BiocManager::install(#34edgeR#34)
不使用edgeR
library(edgeR)
REF
_yang/article/details/78118257
ago2的rip实验原理？
1.用抗体或表位标记物去捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA增强蛋白。
2.避兔非特异性的RNA的生克制化。
3.免疫沉淀把RNA增强蛋白非盈利组织会计加强的RNA一同分离出来出。
4.结合的RNA序列通过microarray（RIP-Chip），定量精准RT-PCR或高通量测序（RIP-Seq）方法来鉴定。
什么叫有参基因组和无参基因组？
有参基因组和无参基因组象绝对不会不能拿来这样定义，应该是在做转录组测序的时候的怎么分辨，主要注意是涉及到两个后续分析的差异。
在RNA测序中，特别是转录组测序的时候，导致基因在DNA水平上乾坤二卦有外显子和内含子，在转录为mRNA（RNA）的时候，完全成熟的RNA会将内含子的片段拷贝掉，拼接为长大成熟mRNA。
所以我题中我们再进行转录组测序的时候，没有参考基因组DNA序列的时候，就没法检测到RNA差别样本之间表达量和序列之间的差异，但是要先做denovo组装，分析的难度会加大很多，准确度也会比有参考序列的法测定差。
而题中该物种已被denovo测过全基因组并连成参考序列，这样会有更多的重测序分析方法可以应用到于该转录组的分析过程，最明显的是是可以做可变内容复制，讲mRNA编辑过程的多样性，是因为并不一定一条mRNA会会出现含有拷贝结果，形成指导功能上很有可能相同的蛋白质的翻译，最大限度地达到操纵细胞功能再一次发生变化的过程，这相对于研究生物的动态调节、在不同条件下的差异化表达，在内肿瘤的形成和发展来说尤为重要。
因此，我感觉也可以这么大来回答这个问题：
有参基因组是指也通过基因测序，将物种的整个基因组的序列测序并不能形成参考序列的基因组。
无参基因组是指尚没有该物种的基因组的参考序列的基因组。
基因组做过全部测序的就是有参基因组，就像模式生物全是有参基因组，比如说，人，小鼠，大鼠，斑马鱼，拟南芥等等。其他就是无参，举例说，转录组测序后，如果是无参基因组，会很难用RNA-seq的结果直接总结，毕竟没有已知的基因组数据以及依据，没法原先拼接，这样的就像一般称denova.
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