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用户定义的一组数据库操作序列 genebank拥有多少万个碱基?

浏览量:3379 时间:2023-06-26 16:22:25 作者:采采

genebank拥有多少万个碱基?

GenBank数据库是1982年由美国国立生物技术信息中心(NCBI)成立并维护的大型综合性序列数据库。大约每2个月会可以更新第二次版本,截止到2004年9月2012版的版本是Release143,共有37,343,937条序列纪录,总共中有了来源于约140,000个物种的41,808,045,653个碱基。所有数据记录被划作在若干个文件里,如细菌类、病毒类、灵长类、啮齿类,包括EST数据、基因组测序数据、如此大规模基因组序列数据等16类,其中EST数据等又被各自分成若干个文件。它的数据直接来源于测序工作者递交的序列;由测序中心重新提交的大量EST序列和其它测序数据;以及与其它数据机构协作收集数据。Genbank每天晚上都会与欧洲分子生物学实验室(EMBL)的数据库,和日本的DNA数据库(DDBJ)交换数据,使这三个数据库的数据同步。

实验工作人员建议使用GenBank的功能之一那是需要提供的2个软件工具把本实验的研究序列再提交到数据库中最终达到资源序列号,这样的话发表文章文献时便于日后直接引用,拥有学术界同意的实验工作样品,最终达到其他人是可以重复一遍实验,现在权威的刊物都不需要提供序列的存储编号。这2个工具的地址在,

BankIt是一系列表单,和负责联络信息、公告具体的要求、摘录参考信息、序列来源信息、这些序列本身的信息等。用户再提交序列后,会从电子邮件送来自动提取的数据条目,GenBank的新序列编号,这些能完成注释后的求全部的数据记录。用户还可以不在BankIt页面下修改早先发布序列的信息。BankIt适合于其它测序工作者提交少量序列,而不比较适合大量序列的提交,也不比较适合递交很长的序列,EST序列和GSS序列也你不BankIt提交。BankIt使用说明和对序列的要求可详情见其主页面。

大量的序列提交是可以由Sequin程序完成。Sequin程序能更方便的编辑和处理古怪注释,并包含一系列内建的检查函数来增强序列的质量保证。它还被设计主要是用于再提交来自系统进化时、种群和突变发生研究的序列,可以加入到比对的数据。Sequin除了主要是用于编辑和改序列数据记录,还可以用于序列的分析,任何以FASTA或ASN.1格式序列为键入数据的序列分析程序都这个可以统一整合到Sequin程序下。在相同操作系统下正常运行的Seq

检索序列是什么?

数据库检索序列,用处在数据库中检索到并参与相似性都很的序列。

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