简并引物合成 简并引物简并度计算方法？

简并引物简并度计算方法？

简并引物是指代表编码单个氨基酸所有不同碱基序列可能性引物的混合物。PCR为了增加特异性，可以参考密码子使用表，根据不同生物的碱基使用偏好，减少简并性。简并度越低，产物特异性越强，设计引物时应尽量选择简并性小的氨基酸，并避免引物3’末端简并。

各位大神，求助大神们怎么设计简并引物？

中文名称：简并引物英文名称： degenerate primer 定义：获得序列未完全清楚的核酸的一种引物设计方案，特点是所设计的引物序列某位置的核苷酸可以分别是两个或两个以上不同的碱基，结果所合成的引物是该位置上不同序列的混合物. 应用学科：生物化学与分子生物学（一级学科）；方法与技术（二级学科）

如何进行引物设计？

如果这一对通用引物没有信号，说明你这个菌在这两个位置有snp，导致扩增不出来。几个方法可以参考一下。

1:你们大概知道这个菌的种属，那么就去ncbi上找近缘物种的16s序列，做序列比对，设计简并引物，扩增出全长，测序。

2:你们完全不知道种属，上网多找几对通用引物，最好是扩增V3V4区或者V4区的，扩增出部分再去测序比对，一般能确认属，再按照1的方法做。

3:在方法2能扩增部分序列但是设计全长引物扩增失败的情况下，利用得到的部分序列做race。

4:前面全部失败，提取DNA做2代测序，直接测基因组（如果觉得成本太高，可以少测点数据量，够比较就可以了）。

简并引物合成 为什么要设计简并引物 pcr引物设计序列例题

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