amber分子动力学模拟 请教分子力学与分子动力学的区别？

请教分子力学与分子动力学的区别？

分子动力学中有许多GROMACS，amber，namd，CHARMM，lammps。动力学的最后一个基本分析是可以计算出来的

一般有机化合物首选GROMACS，核酸模拟首选amber，大系统（如几十万到几亿个粒子）首选lammps。MS不是一个分子动力学模拟的软件，但是forcite和gulp模块可以用于分子动力学。

选择哪种软件取决于可以找到潜在表或力场的软件。Gulp可以直接输入位参数进行计算，但其对位表的支持度不高，所能支持的位函数形式也有限，但在几何优化方面非常强大。实际上，它更像是一个分子力学软件。我只用格罗马克计算蛋白质分子。它可以使用格罗莫斯，奥普萨阿和查姆力场。然而，我经常遇到这样的问题：我找不到一些分子的力场参数。我需要找到我自己的工具来修理它。琥珀从未使用过它，只知道它的力场非常强大，并且对皮斯塔克的相互作用有一定的描述。我以前用Lammps来计算金属，大部分都用过，相变和力学问题都有计算，计算和仿真都很强大，但是建模和后处理功能比较弱，需要有很强的动手能力，或者找其他工具和软件支持，建议在使用前要有Bash和python的基础，而且潜力表很少，需要去文献中找参数做潜力表，或者用户可以从美国的几个网站下载。Lammps可以混合几种不同形式的潜力，这是所谓的配对杂交。供您参考，祝您好运。

分子动力学模拟什么软件比较好？

琥珀色；琥珀色调整。makeambergromacs是一个用于分子动力学的通用软件包，用于模拟包含数以亿计粒子的系统的牛顿运动方程。特别适用于蛋白质、油等具有大量复杂键相互作用的生物分子体系。然而，由于GROMACS在计算非键相互作用方面相当快（这是模拟的主要部分），它也可以广泛应用于非生物系统，如聚合物。

amber和gromacs的区别？

它是系统的强大工具。该技术不仅可以获得原子的运动轨迹，而且可以观察到原子运动过程中的各种微观细节。它是理论计算和实验的有力补充。它广泛应用于材料科学、生物物理学和药物设计。但由于这些结果是通过计算机模拟得到的，必须通过生物实验来验证

首先，分子动力学方法是把原子和分子看作一个质点，根据势函数和位置得到相互作用力，通过牛顿定律得到加速度，然后通过初始状态（位置和速度）得到下一时刻的位移和速度。

利用能量均分定理将系统的平均动能与温度联系起来，得到系统的计算温度。

然后，通过自一致性，可以根据设定的集合条件调整温度、体积或能量。完成计算过程。

因此，分子动力学必须以牛顿力学、统计学和热力学为基础。

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