snp位点的概念 如何进行引物设计?
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时间:2021-04-01 15:13:05
作者:admin
如何进行引物设计?
如果这对通用引物没有信号,就意味着这两个位置有SNP,导致没有扩增。可以参考几种方法。
1:你可能知道这种细菌的种类和属,所以去NCBI找到相关种类的16S序列,做序列比对,设计简并引物,扩增全长,然后测序。
2:你根本不了解物种。你可以在网上找到更多的入门知识。最好放大v3v4区或V4区。在放大了其中一些之后,你可以对它们进行排序和比较。一般来说,你可以确认属,然后按照1的方法。
3:如果部分序列可以通过方法2扩增,但全长引物未能扩增,则将获得的部分序列用作race。
4:以上所有操作均失败。第二代的DNA被提取和测序,基因组被直接测量(如果你认为成本太高,你可以减少数据量进行比较)。
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