为什么要有测序引物 测序平台的引物和接头设计原则是什么?
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时间:2021-03-23 17:19:14
作者:admin
测序平台的引物和接头设计原则是什么?
首先,我们需要了解排序的原理。大多数时候,我们要测试的序列很长。目前的测序方法不可能测试整个序列的长度。因此,要打破长序列,将有许多短序列。我们需要设计一个连接器来拉出你想要的序列并在计算机上测试它。此连接器可能是随机的,这取决于您执行的排序。
求测序引物的完整定义?
测序引物分为独立引物和通用引物。自备引物是由客户设计的PCR扩增引物或在载体和靶片段上设计的用于测序的引物。购买载体时一般由公司提供通用引物,测序公司免费使用T7、SP6、M13等通用测序引物
如果这对通用引物没有信号,说明你在这两个位置有SNP,导致没有扩增。可以参考几种方法。
1:你可能知道这种细菌的种类和属,所以去NCBI找到相关种类的16S序列,做序列比对,设计简并引物,扩增全长,然后测序。
2:你根本不了解物种。你可以在网上找到更多的入门知识。最好放大v3v4区或V4区。在放大了其中一些之后,你可以对它们进行排序和比较。一般来说,你可以确认属,然后按照1的方法。
3:如果部分序列可以通过方法2扩增,但全长引物未能扩增,则将获得的部分序列用作race。
4:以上所有操作均失败。第二代的DNA被提取和测序,基因组被直接测量(如果你认为成本太高,你可以减少数据量进行比较)。
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