kegg富集分析结果解读 转录组数据中如何找GO富集分析上下调基因？
转录组数据中如何找GO富集分析上下调基因？
如何从转录组测序数据判断KEGG富集的意义？提取样品总RNA后，用带有oligo（DT）的磁珠富集真核细胞mRNA（对于原核生物，用试剂盒去除rRNA，然后进行下一步）。
添加片段缓冲液以将mRNA破碎成短片段。以mRNA为模板，用随机六聚体合成第一条cDNA链。然后加入缓冲液、dNTPs、rna酶H和DNA聚合酶I合成第二条cDNA链，用qaquick法合成第二条cDNA链，纯化PCR试剂盒，加入EB缓冲液洗脱，末端修复，A+DNA测序，琼脂糖凝胶电泳选择片段大小。最后进行PCR扩增，并用Illumina HiSeq 2000对测序文库进行测序。
测序得到的候选基因可以做go分析吗？
这也是我头疼的问题。
但在我看来，RNA SEQ的文章得到了大量的差异基因，KEGG和go分析，讨论也是片面的；所以我想更全面的分析，在小范围的差异基因中找出有更多基础的关键基因，但是我写完后就放出来了，而编辑直接说我的文章描述性内容太多，这是对之前工作的总结。
没有关键的进展；我还没有一个好主意。
目前常用生物信息学分析方法有哪些？
现在比较流行的数据库有geo和TCGA
geo分析主要是通过芯片做差异分析得到差异基因，可以做go和KEGG功能富集分析
TCGA数据库是癌症分析的利器，可以做差异基因、差异miRNA、差异lncrna，下载并整理临床资料，做生存分析，和高难度Cox分析
这两个数据库可以发一篇好文章
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