lammps实例教程 lammps该怎么入门?
lammps该怎么入门?
我自己都快忘了我研究生毕设用的就是lammps。如今都工作了小十年了,在研究所从事结构动力学试验工作,lammps忘的差不多了,翻看自己的论文还有之前的几十G的文献资料和计算数据,都不敢相信是自己做的。
这里我只能提供一个思路,细节上的东西实在是忘了。用lammps首先得熟悉分子动力学,我们是两年半研究生学制,大四研一都在搞有限元计算,研二我用了差不多一年时间读分子动力学相关文献,啥都没干,研三开始计算和写论文,半年搞定。个人感觉硕士课题虽浅点,但我的基础还是比较牢固。
用lammps还得过linux这一关,大学我喜欢折腾linux发行版,笔记本格式化了N次,实际上省略了学习linux的过程,直接上手编译lammps。
程序就选从官网下载最新版,势函数记不清从哪找的,基本根据文献中来,也尝试过自己写势函数,结合atom以及VMD可视化,用matlab做分析,origin画图,基本就够了。
学习路径基本是从易到难,先做最简单的算例,然后需要复现文献中的结果,根据自己的课题挑选合适的势函数,需要做大量验证,包括计算材料参数,计算结晶过程等等。当然也得根据计算机的算力确定计算规模。
遇到不懂的就查文献,查文献,查文献,我当初也在小木虫论坛混过,里面大神很多。总之多尝试多做算例,肯定能上手。
我现在其实基本是门外汉,说的不对的地方多多包涵。目前还可以探讨一下结构动力学试验的相关问题。
lammps中怎么固定一族原子?
可以用 dump 命令, 里面加上 fx fy fz 这三项就是每个原子受到的力在三个方向上的分量。 例如:dump 2 subgroup custom 1000 dump.atom id fx fy fz LAMMPS会每隔1000个时间步,把叫做“subgroup”这个组里面的所有原子的序号和三个方向上所受
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